水权的利用有四个层次，即所有权、开发权、使用权和经营权。所有权是国家的，开发权除征税外，可无偿转让给国有单位。水资源开发后的使用权可以进入市场，也就是说使用权可以有偿转让，或者叫交易。

区域间的水资源配置作为一项政府行为，只能是一次性的，在通过水资源配置确定初始水权后，就要通过水市场实现水权所有者之间的水权转让与交易。由于我国正处在由计划经济向市场经济的转型期，地方政府作为用水户利益的代表和水权的代表者，水市场只是在不同地区和行业部门之间发生水权转让行为的一种辅助手段，因此我国的水市场是一种“不完全市场”。

鉴于水市场的不完全性，因此水市场的建立应遵照一定的原则来进行：第一，要认识到水是有价的，是不完全商品，而不是任意提取的；第二，水权是有价的，排放权也是有价的，两者都是可以转让、可以交易的，但交易是有限的；第三，水价是通过计算与协商，最后由政府来确定的。

政府对水市场实行宏观调控，在将水资源系统与宏观经济系统相结合进行研究的基础上，把水资源系统的开发利用决策与经济发展的战略决策结合起来，建立水资源统一管理运行机制系统，保证所有人的基本用水权，制止水市场中的投机和垄断行为。