在国家标准中，明确提出要对矿泉水水源地进行保护，建立严格的三级保护区：

（1）严格保护区，在水源地周围15米范围内，无关人员不得进入，不得放置与取水设备无关的其他物品；

（2）限制区，在矿泉水水源。生产区外围不小于30米范围内，不得设置居住区和工厂、厕所、水坑，不得堆放垃圾、废渣或铺设污水管道，严禁使用农药。化肥，并不得有破坏水源地水文地质条件的活动；

（3）监察区，其范围应根据水源的补给与分布而定，使水源免受污染。

我国很多优质矿泉水源位于深山老林里，风景秀丽，环境优美，生态环境良好。吉林长白山区更是此类典型，由于清朝政府长达260多年的封山禁猎，使长白山区生态环境保护了原始状态。在该地区的矿泉水资源被发现后，当地政府就成立了专门的矿泉水保护管理局，制定了该地区的矿泉水保护条例，划定了矿泉水自然保护区，这在全国都是首例，当地政府对资源保护的高度重视和远见卓识，不仅使该地区的矿泉水资源可以永续利用，而且越来越多的企业来到该地区的中国矿泉水之乡——安图县和辉南县投资矿泉水产业。

矿泉水源地如果保护不好，对水源进行过量开采或者水源遭受污染，都会阻碍对矿泉水资源的可持续利用。天然矿泉水是一种可再生资源，如果严格按国家规定的允许开采量进行开发，是可以永续利用的。因为矿泉水是地下深循环水，一旦开采过量，就会出现“断流”，导致其他水体侵入该循环，破坏其原有成分甚至污染原来的水体。在前几年，黑龙江等地都出现过该情况，在短时间内都很难恢复。