2009月9月，第十一届中国科协年会在京召开，年会上有一个热门话题，即三峡工程究竟是弊大于利还是利大于弊？有人说，三峡工程所提供的能源相当于每年5000万吨煤炭，反过来中国少烧了5000万吨煤，因此利大于弊。但曹文宣表示：“三峡工程对人来说是利大于弊，对鱼来说则是弊大于利。”

白鳍豚，一种被称为“水中大熊猫”的长江独有哺乳动物，2006年被科学家宣布“功能性灭绝”。而2012年中科院组织的一次科考宣布，长江中另一种珍贵豚类——长江江豚，也只剩下约1040头。

位于武汉的中科院水生生物研究所，是中国研究水生生物的重镇。所里的豚类研究员王丁断言：“江豚正在走白鳍豚的老路，要不了二十年，白鳍豚的今天，就是江豚的明天。”

2012年11月11日，一支由农业部牵头，中科院水生生物研究所、世界自然基金会和武汉白鳍豚保护基金会共同组织的长江淡水豚考察队从武汉起航，沿武汉-宜昌-武汉-上海-武汉的路线在长江中下游干流探寻长江江豚的踪迹。此次科考队总共目视发现江豚380头次，声学考察发现172头次，与2006年考察相比，江豚种群数量减少一半。

江豚快速减少，缘于长江水系繁忙的航运、滥捕滥捞使江豚食物匮乏等。曹文宣院士也是上世纪80年代三峡工程环境影响评价水生生物课题负责人，他在采访中说道：“白鳍豚的“功能性灭绝”以及江豚濒危都与长江水系生态环境遭到破坏有关，而这种破坏又与葛洲坝、三峡大坝以及后期陆续建设的水利工程有关。

近年来，鄱阳湖露底，洞庭湖、洪湖也年年露底，而且整个洞庭湖水系几乎断流。甚至长江干流本身在武汉段也出现露底现象，而鄱阳湖、洞庭湖正是很多动植物包括江豚的家。没有水，也就无鱼或少鱼，江豚没了“粮食”，又该如何生存？　

长江干流上也有550头江豚，但整个环境也今非昔比，早已不是江豚“记忆中的家”了。曹文宣课题组的专家分析：“上游的水利工程对于长江中下游的河道、河势影响深远。上游大型水库建成后，长江泥沙量减少，清水下泄使长江河床被不断刷深。”结果长江干流的边滩、洄水减少，江豚失去了栖息与觅食之所。

在长江中游，大量江滩裸露，被沿岸居民种上了蔬菜。武汉本来位于长江江心的白沙洲，今冬几乎与长江北岸连成一体。长江河道变窄，这意味着江豚与各种船舶被挤在一起，江豚受到螺旋桨伤害的机率也相应增加。

除了豚类，水利工程也使长江鱼类面临严重危机。1994年，三峡工程开始大江截流，曹文宣的课题组开始负责对相关影响进行跟踪监测与评估，18年不辍。　　

长江水系现有鱼类400多种，淡水鱼类有350种，其中特有种类就有156种之多。随着三峡工程的兴建以及其他人类活动的增加，不但天然捕捞产量急剧下降，生物多样性丧失的速度也在加快。

2013年秋冬季节，葛洲坝下产卵场未监测到中华鲟产卵，引起国内舆论与生物多样性保护相关组织的高度关注，引发很多人对中华鲟是否会灭绝的担忧，并进一步引发人们对长江上游水电工程的质疑。