根据长期的监测评估，据曹文宣称：“长江鱼类的确危机四伏。鲥鱼、刀鱼、河豚是著名的“长江三鲜”，其中鲥鱼已经绝迹，刀鱼濒临灭绝，野生的河豚也已经不见踪迹。白鲟自2003年以后再也没看见过了。像鯮鱼，可以长到100多斤，上世纪80年代开始就很少见到了。本来要长几十斤重的草鱼，现在长到几两重就被捕上来卖了。”

长江鱼类的危机，跟人类活动有关，而三峡工程的兴建加速并加深了这一危机。曹文宣分析，三峡大坝建成后，长江流速变缓，河水变深，光照不足、泥沙沉积致使大量底栖生物不能生长，也就不能为鱼类提供足够的食物，对长江上游120多种底栖生物、流水鱼类产生了很大影响。

鱼类资源有两个方面的属性，一个是物种，一个是渔业，水利工程对长江鱼类的物种资源属性造成了巨大影响。“长江上游一直在进行梯级开发，河水由激流变成缓流，改变水流的流速、流态等水文特征的同时，也改变了径流的时空分布格局，影响了该流域特有鱼类的生存。”曹文宣说道。

比如圆口铜鱼、岩原鲤等长江特有鱼类，它们很难在静水里生存，三峡大坝建成后使它们受到严峻挑战。

由于三峡大坝的拦蓄作用，长江自然涨水过程消失，以四大家鱼(青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼)为主的长江鱼类产卵受到影响。曹文宣在1989年写三峡水利工程环境影响报告书时就曾预测：三峡水库建成后，四大家鱼的繁殖期将会延后。如今的情况的确如此，它们的产卵时间延后，导致水中浮游生物以及水草等鱼类饵料都发生变化，这对四大家鱼物种的延续又是极为不利的。

曹文宣在采访中表示：水利工程是保护长江生物多样性面临的最大危机，如果金沙江、雅砻江、大渡河、岷江等流域少建一些大坝，在不建坝江段的河流及其支流设立保护区、建立长期的生物监测站，就可以对很多鱼类及其他物种起到保护作用，避免因水利工程而造成的物种丧失。

“但目前现实的情况是水电站一哄而上，很多在建的水电站并未列入长江流域的水电规划中，如金沙江中游在建的金沙、银江水电站，而该水电站很可能使圆口铜鱼的最后一块栖息繁殖地消失殆尽。”曹文宣补充道。