突出节水、水生态保护的治污作用。“水十条”十分重视节水和水生态保护对污染防治的贡献，强调了水资源-水环境-水生态三位一体的治污新思路。除了污染物削减外，减少废水产生量和排放量是最经济有效的治污措施。具体到长江流域，通过落实最严格水资源管理制度严控取水量，减少污水产生量;应用农田节水节肥灌溉、改良工业生产工艺、提高城市中水回用、推动污水资源化利用等措施，均能有效减少新鲜取水量和污废水排放量。

全过程综合治污。目前，流域污染防治主要采取的还是末端治理方式，往往事倍功半，效果不甚理想。新时期的流域污染防治，有必要从污染源出发，细化各类污染源的产排特征、防治特点与难点，分类推进治理。对工业污染和生活污染来说，采用源头减污、过程清洁和末端治理的思路，减少污染产生量和处理量、提高污染治理的针对性和有效性。对农业面源污染来说，重点推进清洁小流域建设，采用从田间到河口系列污染防治措施，最大限度对农业面源污染排放的水肥回收再利用。对饮用水水源地保护来说，建议采用系统和综合措施的措施，全方位、全过程考虑，从污染“产生”、“排放”、“输送”、“监管”等配备污染防治措施，通过流域水环境综合管理与生态水网建设，防范集中式饮用水源地的污染风险。

做好污染防治科技支撑。为了扭转长江流域水污染防治的不利局面，有必要针对重大水环境问题和水体污染新动向，整合科技资源，加快研发生活污水低成本高标准处理、饮用水微量有毒污染物(如抗生素)处理、地下水污染修复、危险化学品事故、封闭水域移动式处理、空地一体化水质监控、水上溢油应急处置、水质与水污染信息云平台建设等技术。积极开展有机物和重金属等水环境基准、新型污染物风险评价、水环境损害评估、高品质再生水补充饮用水水源、劣质水利用等研究。着力推广示范节水、中水循环利用、雨洪收集和资源化利用、再生水安全回用等技术，以及水生态调度、生态流量下泄、水系连通等适用生态修复技术。