尼加拉瓜东部一条几乎未经开发的河流——蓬塔戈尔达河，也将变成运河的一部分。随着该地区交通网络的迅速贯通，移民、森林砍伐、偷猎和生物多样性丧失也会接踵而至。

梅耶一直在尼加拉瓜和其他中美洲国家工作，他说：“开展工程建设就必须先修路，因为很多地方原来根本无路可走。道路修好后，如何阻止人们在那里定居是一个问题。当然修建道路永远是一切的开始……就像在亚马逊或非洲那样。只要有了路，就会有人来。” 

此外，HKND公司还计划在尼加拉瓜东部建造一座面积152平方英里的水库，名为亚特兰大湖。这座水库将延伸到塞罗-席尔瓦保护区和印第欧-梅茨保护区之内，目的是为运河加勒比海一端的船闸提供水源。但科学家们警告说，这座水库将吸取来自圣胡安河及蓬塔戈尔达河流域的水，流量的减少加上开挖造成的沉积物增加会影响河流的形态。其中，部分河段与哥斯达黎加边界重叠、且通行量大的圣胡安河受到的影响尤为明显。科学家指出，如果降水模式随着气候变暖而发生变化，可能就没有足够的水充满运河及船闸，也无法满足尼加拉瓜的用水需求。 

赛罗-席尔瓦保护区位于尼加拉瓜东部。运河修建与渠道建设将使自然保护区变为施工场地。（图片来源：Nicatra）

规划中的运河还将沿着尼加拉瓜湖东岸166平方英里的圣米格利托湿地边缘前进，这里由纵横交错的沼泽和小河构成，生物多样性极为丰富，并获得了《拉姆萨尔湿地公约》的认证。船只往来会影响沼泽地的生态，惊扰栖息在这里的80余种鸟类，而圣米格利托湿地正是观鸟者心中的圣地。

运河的影响还将波及尼加拉瓜以外的地区，包括距离尼加拉瓜海岸90英里的海葵生物圈保护区。这是一个大型海洋保护区，拥有加勒比海第二大珊瑚礁系统。 

弗朗西斯科·阿里亚斯·伊萨扎是哥伦比亚政府资助的海洋学研究机构Invemar的负责人。他指出，水质、透明度和水温的变化都会导致海葵生态系统“崩溃”。“正在探讨建设的运河规模巨大，大量巨型货轮会集中到这个海域，这正是我们所担心的。”他补充道。

科学家们担心的不仅是运河对环境的影响，还有环境对运河的影响。尼加拉瓜不仅位于地震和火山活动十分频繁的地区，还是加勒比飓风的通行路径。一百年前美国政府之所以选择巴拿马，而非尼加拉瓜来修建运河，正是出于上述考虑，因为巴拿马不在飓风路径上。

美国地质调查局水文学专家鲍勃·斯塔拉尔德30年来致力于风暴对巴拿马运河影响的研究，他说：“1855年以来，尼加拉瓜遭遇的四级或四级以上的飓风至少有4次，运河破坏后的修复费用与当初修建时差不多。”

尼加拉瓜加勒比海沿岸遭受的最近一次大风暴是1998年的飓风“米奇”，造成3800人死亡，经济损失达10亿美元。规划中运河